Prima ancora di introdursi nella descrizione della chiesa diretta dai frati Minori Francescani, conviene dare un accenno al Fondatore di questo Ordine: Francesco, il Poverelo di Assisi, che probabilmente, come affermato anche da altri, si trovò a passare nei nostri luoghi forse dopo le soste sicure fatte a Cetona e a Saterano, si presume infatti che il Santo, prima dei suoi ultimi tormentati anni, nel suo pellegrinaggio verso Siena pur non dimorandoci, persorse queste località a lui care per l'aappartata usterità e le bellezza genuine della natura, dove era possibile diffondere la Sua Regola di vivere "semplicemente e con poche parole".

A quei tempi la chiesa di Sant'Antonio certamente non esisteva, si sa che tra il degradare dei colli in aperta campagna, nel punto esatto dove in seguito sorse l'edificio, si mostrava alla vista di tutti uno stagno, delizia dei ragazzi, dove nei pomeiggi estivi si davano convegno, per intrattenersi ad ascoltare il gracidare delle rane con quella tipic curiosità infantile mista a meraviglia e soprendente ammirazione.

In antico, come storicamente accertato, l'unica presenza francescana fu quella di un Monastero di Clarisse nel Castello dei Conti Manenti, che come documentato nelle Cronache dei Frati Minori della Provincia Toscana, erano assistite dai Padri Francescani. Il primo luogo veramente abitato da questi Frati fu quello conosciuto con ul nome di Getsemani, in località "Paradisso", convento fondato nell'anno 1875. Questo piccolo convento, attualmente è la casa delle Suore Benedettine Riparatrici del Santo Volto della casa Immacolata di Chianciano.

Quando i Frati lasciarono il piccolo convento per costruire quello nuovo in altra posizione, meno bella rispetto alla precedente, ma logisticamente pi utile, dato lo sviluppo di Chianciano, in contiua espansione per la accresiuta notorietà delle sue Terme. La realizzazione di una chiesa adeguata alle necessità fu sollecitata in un Documento datato 18 Marzo 1931 dell'allora Vescovo di Chiusi Mons. Giuseppe Conti.

L'area fabbricativa per la costruzione della chiesa intitolata a sant'Antonio e dell'attigua pensione, di qusasi cinquemila metri quadrati, fu donata ai Frati Minori nella persona di Padre Gerolamo Lelli, dal comm. Paolo Ingegnoli, uomo facoltoso, residente a Milano, proprietario fra l'altro del Podere Casalrigo, in cui era compreso il terreno della costruenda chiesa: altri duemila metri quadri furono oferti un anno più tardi dal predetto ingegnere e dalla direzione delle Terme di Chianciano.

Il progetto della chiesa in un primo momento, e cioè nel 1933, fu affidato al'architetto francescano Padre Raffello Franci, ma sia per grandiosità dell'iniziativa, quanto per le molteplici difficoltà del terenno, come per l'ingente spesa, i religiosi ripiegarono su un progetto più mosdesto e più facile da realizzare, affidando tale comito all'ing. Guido Dringoli di Siena, tecnivo del comune di Chianciano Nel magio del 1933 fu posta la prima pietra dall'Inpresa Ercolani di Chainciano. In un primo momento du costruita la navata centrale occorrente per il servizio litugico, in seguito furono edificate anche le due navate laterali, nelle quali si collocarono i vari altari.

La chiesa, non molto grnade, ma assai proporzionata, fu coperta a capriate (con travi in legno) e nella facciata fu costruito un piccolo pronao (colonnato), sulla porta centrale. quasi fin dal suo sorgere fu dotata di alcuni quadri moderni raffiguranti Sant'Antonio, eseguiti dal pittore amiatino Vagaggini, San Francesco d'Assisi di Padre Antonio Ierone del ocnvento di Ognissanti in Firenze e un trittico del pittore Guido anichini, in stile antico, dorato a mecca nel quale si possono vedere il Sacro Cuore di Gesù, con ai lati San Pietro Apostoli e Sant'Anna. di discreta fattura era l'altare maggiore, in travertino di Rapolano, fatto eseguire dal Conte Ottieri della Ciaia, che fu rielavorato alcuni anni dopo, quando fu ingrandita la chiesa. Nell'Agosto del 1958 fu posto un crocifisso al nuturale, che è un fedele riproduzione del Cristo in Croce di Fra' Francesco da Palermo del 1637.

 La ristrutturazione e l'ingandimento dell'edificio furono dovuti alla iniziativa del benemerito Padre Samuele Vetuli, su disegno realizzato definitivamente nel 1964-65 dall'architetto Giuseppe Mina di Pavia ed eseguito dal Padre Timoteo Bertinato, che aveva sostituito l'architetto Padre Raffello Franci, al quale si deve la costruzione della cupola di alcuni anni peima. Sui pinnacoli centrale e laterali nell'anno 1966 furono innalzate tre statue di marmo a grandezza naturale raffiguranti la Vergine Maria, San Giuseppe e San Francesco. All'interno nelle cappelle furono dislocati dieci altari in travertino, fatti eseguire da alcune famiglie.

Proveniente dal Convento di San Francesco di Cetona e oggi collocato in una delle sale della Pensione omonima, si può apprezzare il pregevole Pezzo Robbiano: la Vergine in adorazione  del Bambino Gesù, con il  Padre Celeste e gli Angeli.

Nel 1949 l'allora Vescovo di Chiusi Mons. Carlo Baldini, resosi conto della continua espansione del Centro Termale, propose la chiesa quale nuova Parrocchia, con il compito pastorale limitato, e cioè fino a che non fosse ststa costruita la nuova chiesa parrocchiale. Ne furono segnati anche i confini e fu perfino nominato il parroco, ma, esaminato il caso, i superiori religiosi declinarono ogni impegno.

Nell'anno 1982, è stato creato un piccolo convento, nel quale possono abitare quattro o cinque religiosi, per poter attendere alla pastorale turistica nel periodo delle cure termali. tale ambiente è stato eseguito sulla primitiv casa, che fa corpo con l'intero edificio della chiesa.

La chiesa di Sant'Antonio, posta nel cuore palpitante della zona termale, costituisce un indiscusso baricentro, che supera le dimensioni locali, per inserirsi in un ambito di più ampio respiro, il quale accoglie una folta moltitudine di fedeli, che percorrendo a fiumana la strada, si dirige fiduciosa e devota, per confidare le proprie speranze, le felici attese e le amarezze inevitabili della vita.

Attualmente la chiesa è affidata ai Frati Minori Polacchi che presero l'impegno liturgico, aiutando anche nel servizio pastorale della Parrocchia.