Qualche indicazione circa l'origine delle località che formano il comprensorio comunale potrebbe esserci fornita dall'etimologia dei nomi, ma purtroppo i dati sono troppo incerti.
Di sicuro abbiamo la costruzione in epoca romana della strada Paullese ed il ritrovamento di alcune sepolture ai suoi argini. Altro dato documentariamente certo è l'insediamento sul posto di Arimanni Longobardi. Nel medioevo il territorio appartenne alla Pieve di Mezzate, tranne alcune zone marginali.
Un ruolo importante nella formazione dei grandi fondi agricoli, caratteristici di questa parte della Lombardia, fu svolto dagli enti monastici. Essi, per le possibilità finanziarie che potevano mettere in campo, poterono intraprendere grandi imprese di bonifica dei terreni, costruendo tutta una serie di opere idrauliche, canali, roggie chiuse, adatte ad inbrigliare le acque, convogliandole in una irrigazione regolata.
Sul territorio ebbero ad operare i monaci Umiliati a Linate e Campolongo (Longhignana), gli agostiniani a Mirazzano, le suore Benedettine a Monasterolo e Foramagno.
Il dato storicamente più interessante fu quello dell'acquisto, effettuato nel XV secolo dalla famiglia dei conti Borromeo, di un grosso possedimento agricolo da parte di Vitaliano, ricco banchiere milanese che acquistò dai monaci agostiniani i beni di Mirazzano e Peschiera e dagli Umiliati il fondo di Longhignana, il tutto comprendente ben 25.000 pertiche di terreno.
L'occupazione francese e spagnola non mutò l'assetto territoriale esistente e non vi è nulla di particolare da raccontare. Ogni campanile fu singola comunità amministrativa sino alle illuminate riforme introdotte dagli austriaci, in particolare a partire dal governo di Maria Teresa e portate avanti dai suoi successori.
Le piccole comunità rurali furono soppresse ed aggregate in entità più ampie, tanto che la Bettola, quattro case sorte intorno ad un'osteria, diventò il nucleo centrale del comune di Peschiera Borromeo. Nello specifico si può dire che nel corso del XIX secolo ci fu un progressivo compattamento delle piccole realtà comunitarie. La prima avvenne nel 1847 con l'unione tra i singoli Comuni di Zelo e Foromagno che formarono così un'unica entità, sino al 1870 quando questo Comune entrò a far parte di quello di Mezzate.
Nel 1915 il Comune di Linate al Lambro perdeva, a favore di Milano, le grosse frazioni di Ponte Lambro e Monserchio e nel 1933, a causa della costruzione dell'areoporto Forlanini, l'antico castello e tutte le frazioni di Linate Superiore.
Questo stato di cose convinse il Consiglio comunale a richiedere l'unione di quello che rimaneva del territorio del Comune di Linate al Lambro al Comune di Peschiera Borromeo (1933). A quella data Linate contava 1284 abitanti e Peschiera 1586, per un totale di 2870 abitanti.
Il censimento del 1968 vedeva salire gli abitanti a 6.870 per arrivare agli attuali 19.000.