La Basilica di S. Trofimena, così come si presenta, venne costruita verso la fine del XVIII sec. Precedentemente la vecchia Chiesa dedicata al Crocifisso era di forme romaniche, in direzione Est-Ovest, ed occupava lo spazio dell'attuale transetto. Le esigenze di un cerimoniale sempre più articolato e festoso, nonché il ritrovamento delle reliquie della santa Patrona, nascoste dei minoresi dopo la triste parentesi del trafugamento nell'839 ad opera del principe beneventano Sicardo, ne richiesero l'ampliamento.
La nuova Basilica doveva essere una vera e propria glorificazione architettonica della Santa: ecco che, perciò, si ricorse alla maestosità e alla sontuosità dell'opera barocca.
Con impianto planimetrico a croce latina, la Basilica è divisa in tre navate, absidate nella parte terminale, con altarini laterali, adornati di
Il transetto introduce ad un'area presbiterale avvolta da una balaustra marmorea, che segna la direzione delle due scale speculari conducenti alla cripta sottostante.
La decorazione plastica è molto raffinata; predominano figure angeliche, motivi floreali, capitelli, cornici dentellate che sovrastano pilastri rivestiti da marmi policromi.
Molto elegante, articolata e ricca di effetti cromatici ottenuti da intarsi marmorei si presenta l'Altare maggiore.
La facciata con il campanile a pianta quadrangolare evidenzia nella parte inferiore, sovrastante i tre portali di accesso, gruppi scultorei molto vicini al dinamismo plastico del celeberrimo barocco napoletano: sul portale centrale si può vedere l'immagine di S. Trofimena, a destra quella di S. Paolo e a sinistra quella di S. Pietro.
A completare l'immagine della basilica, negli anni '50 furono aggiunte nelle quattro edicole sottostanti le statue dei quattro evangelisti.
