Il Cinquecento 

1510

È l'anno indicato dai critici d'arte con qualche approssimazione per la realizzazione del dipinto da secoli attribuito a Gerolamo Romani detto il Romanino (Brescia 1485 circa -1560 circa), raffigurante San Rocco, con ai lati, a sinistra, i santi medici Cosma e Damiano, a destra san Nicola da Bari e sant'Antonio abate (o del deserto), guaritori per eccellenza di uomini e animali. Questa tempera su tela avrà una lunga storia.

1512 

Durante le guerre di predominio in Italia tra Francia e Spagna, Brescia è messa a sacco dal generale francese Gaston de Foix per ben tre giorni, e il 17 febbraio tocca a Sant'Eufemia della Fonte ad essere semidistrutta.  È la quarta volta, dopo i saccheggi di Federico I Barbarossa imperatore (1166), Enrico VII di Lussemburgo imperatore (1311), Nicolò Piccinino (1438).

1528

È riconfermata dal legato papale l'unione tra parrocchia, e nuovo e vecchio monastero, quest'ultimo diventato poco più di una fattoria con depositi. Ai monaci di Sant'Eufemia in città rimane però sempre l'impegno di mantenere un monaco o un sacerdote secolare quale parroco per la cura d'anime in Sant'Eufemia della Fonte, licenziabile "ad nutum", e cioè ad un semplice cenno dell'abate parroci monaci benedettini saranno, dal 1494 al 1770, ben 28, di contro a 9 sacerdoti secolari "stipendiati" dall'abbazia.

1539 e 1558 

Visite alla nostra parrocchia dell'abate di Sant'Eufemia in città.

1563

Si chiude il Concilio di Trento, iniziato nel 1545. Inizia un poderoso sforzo dei riformisti per applicarne le nonne, sotto la guida di san Carlo Borromeo e del vescovo di Brescia Domenico Bollani, che poi fonderà il primo seminario diocesano.

1571 circa 

La diocesi di Brescia è divisa in 46 vicariati foranei. La nostra parrocchia viene a far parte di quello di Botticino.

1576 

Protesta della nostra popolazione per le frequenti assenze del parroco benedettino don Agostino Gelmi de Salis (e cioè di Sale Marasino).

1576-1577

Peste detta di san Carlo Borromeo. La comunità parrocchiale contava circa 1700 anime prima del contagio. I morti di peste nella nostra parrocchia, che sembra abbastanza risparmiata, sono 41.

1580

Il 7 marzo, il vicario del visitatore apostolico cardinale arcivescovo di Milano Carlo Borromeo, nota negli atti della visita alla nostra parrocchia che il battistero è collocato in posto incongruo nella chiesa, e accenna agli altari di Santa Caterina d' Alessandria e di San Rocco. Il cimitero è in fianco alla chiesa e cintato. Canonica e sagrestia sono annesse alla chiesa (come oggi). San Carlo ordinerà poi che la reliquia della Santa Croce venga esposta solo in circostanze eccezionali (forse per evitare eccessi devozionali).

1597